Sistem akuntansi adalah serangkaian prosedur baik manual maupun terkomputerisasi mulai dari proses pengumpulan data, pencatatan, pengikhtisaran sampai pelaporan posisi keuangan dan operasi keuangan. BLU setidak-tidaknya mengembangkan tiga sistem akuntansi yang merupakan sub sistem dari sistem akuntansi BLU, yaitu sistem akuntansi keuangan, sistem akuntansi aset tetap, dan sistem akuntansi biaya.